La madre Naturaleza tiene una continuidad temática y cronológica con otra novela de Pardo Bazán: Los Pazos de Ulloa, una continuidad que la autora propone incluso en el subtítulo de esta obra: 2ª parte de Los Pazos de Ulloa. La tesis de esta novela es la invocación a la cultura, y en concreto a la religión, el naturalismo cristiano, frente al imperio de la naturaleza desordenada y sin control.