Isla Desolación arranca con el encargo de rescatar a uno de los personajes más célebres de la historia naval de todos los tiempos, el capitán Blight, tristemente famoso por el motín de la Bounty. Jack y Stephen deberán dirigirse a Australia con las bodegas llenas de convictos, que inevitablemente provocarán disturbios a bordo, y acercarse a unas costas muy poco conocidas en aquellos tiempos en medio de un mar embravecido. Pero su misión es esencialmente salvar la vida de Blight, quien en Australia vive acechado por poderosos enemigos. Y los peligros que correrán en esta aventura son muy diversos.