Francisco J. Ayala, biólogo y miembro de la Academia Nacional de las Ciencias de Estados Unidos, ofrece en este libro un camino para conciliar la religión y la ciencia con respecto a la evolución. Según Ayala, la ciencia y la fe religiosa no están en contradicción, ni pueden estarlo, puesto que tratan de asuntos diferentes que no se solapan. La ciencia busca descubrir y explicar los procesos de la naturaleza. La religión trata del significado y propósito del universo y de la vida, la relación entre los humanos y su Creador, y los valores morales que inspiran y guían la vida humana. La selección natural explica la evolución de las especies a través de millones de años y la adaptación de los organismos a su entorno, con ojos para ver, alas para volar, y agallas para respirar en el agua. Pero el mundo de la vida está lleno de imperfecciones, sufrimiento, crueldad, y sadismo. La espina dorsal esta mal diseñada, los depredadores devoran a sus presas, los parásitos destruyen a sus huéspedes. La selección natural da cuenta de estas calamidades, que, por ello, no necesitan ser atribuidas a mal diseño o perversidad del Creador. Según explica Ayala, la evolución por selección natural esta más de acuerdo con la fe religiosa en un Dios de amor, misericordia y sabiduría, que el llamado «diseño inteligente» que atribuye al Creador las imperfecciones del mundo de la vida. Darwin y el Diseño Inteligente proporciona la mejor introducción a Darwin y a la biología de la evolución actualmente disponible.