Nació en Baracaldo (Vizcaya) en 1970, pero su familia se trasladó a vivir a Zamora, donde recuerda ir a la biblioteca de la ciudad en compañía de su abuelo. A los dieciocho años se trasladó a Salamanca, donde cursó estudios de Derecho, que nunca ejerció.
Su aparición en el panorama literario y editorial español se produce en el año 1995 con la obra titulada Coños, curioso e inclasificable libro de glosas, a mitad de camino entre la prosa lírica y la escritura automática. Obra con escasa mención en las reseñas de las publicaciones literarias, alcanzó notable éxito al ser traducida a más de una docena de idiomas.
Compatibilizando su producción literaria con su columna periodística, Juan Manuel ha mantenido desde sus inicios una asidua colaboración en la prensa escrita, fundamentalmente en el diario ABC.
En 1998 publicó su primera recopilación de artículos bajo el título Reserva natural, título que dio nombre a la primera sección fija que tuvo en prensa, concretamente en las páginas de Castilla y León del diario El Mundo.
En 2000 publicaría una segunda recopilación de artículos, Animales de compañía, en la que se recoge los artículos publicados en el desaparecido Blanco y Negro. Su labor periodística ha merecido algunos de los más importantes premios que se conceden en España, como son el Julio Camba en 1997, el César González-Ruano en el 2000 o el Mariano de Cavia en 2006.
En novela los premios también se han prodigado con el Planeta de Novela en 1997, el Primavera de Novela en 2003, el Nacional de Narrativa de España en el 2004 y el de Biblioteca Breve de Novela en el 2007.